ในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 อ็อทโท ฟ็อน ฮาพส์บวร์ค ทรงใช้ชีวิตส่วนใหญ่ในกรุงวอชิงตัน ดี.ซี. สหรัฐอเมริกา หลังจากทรงลี้ภัยจากประเทศเบลเยี่ยมและประเทศฝรั่งเศสกับพระราชมารดา และพระบรมวงศานุวงศ์พระองค์อื่นๆ โดยที่พระญาติของพระองค์ เจ้าชายแมกซ์ ดยุกแห่งโฮเฮนเบอร์ก และเจ้าชายเออเนสต์แห่งโฮเฮนเบอร์กทรงถูกจับกุมในกรุงเวียนนา โดยคณะรัฐประหารและถูกนำไปที่ศูนย์บัญชาการจนถึงสงครามสิ้นสุดลง ส่วนพระบรมวงศานุวงศ์อื่นๆก็เสด็จลี้ภัย หวังจะพึ่งพาประเทศพันธมิตรเช่น เบลเยี่ยม และฝรั่งเศส แต่เมื่อฝรั่งเศสถูกคุกคาม ราชวงศ์ก็เป็นอันต้องลี้ภัยไปยังประเทศโปรตุเกส โดยมีอริสติเดส เด ซลซา เมนเดส หนึ่งในคณะทูตของโปรตุเกสประจำเมืองบอร์ดูกซ์ ให้การช่วยเหลือ ในความเป็นผู้รักชาติอย่างแรงกล้าของพระองค์ พระองค์ทรงต่อต้านและขับไล่ทหารนาซีอย่างรุนแรงเมือ่ปีพ.ศ. 2481 หลังจากสงคราม พระองค์ทรงใช้ชีวิตส่วนใหญ่ที่ประเทศฝรั่งเศสและประเทศสเปน